토지별도등기는 근저당에 관한 것이 90%이상이다. 선순위 가등기, 가처분 등 그 외 권리가 있는 것들은 위험하다. 그러나 근저당에 관한 사항이면 입찰에 참여해도 무방하다.
단, 대항력 있는 선순위 임차인이 있을 경우 토지의 감정가격만큼의 비율로 토지근저당권자가 먼저 배당을 받아가니 이때는 선순위 임차인이 배당받지 못한 인수금액이 있는지 꼼꼼히 따져보아야 한다.
집합건물의 대지권의 목적인 토지에 근저당 등이 설정되어 있으면 집합건물의 등기부등본 "대지권표시란"에 "토지별도등기 있음."이라고 표시한다. 즉 대지권의 목적인 전체 토지의 등기부가 깨끗하지 않은 상태다.
집합건물이 경매가 진행되어 낙찰되면 낙찰가에서 대지권에 해당하는 배당금을 받고 낙찰된 빌라의 "토지별도등기 있음"을 해제해 주는데, 그것을 토지등기부에 "근저당권의 일부 지분포기"라고 표시한다.
(추가: 11/05)
"토지 별도 등기 있음"이라는 집합건물은 해당 토지필지만 등기부등본을 다시 발급받아 토지에 근저당, 가압류, 가처분 등이 있는지 살펴야 하며, 최근 대단위 아파트 등은 낙찰자 입장에서는 문제될 것이 없으나, 50평, 100평 등에 지어진 다세대나 연립은 특히 조심을 해야한다. 매수희망자는 토지저당권자가 채권신고를 한 경우에만 응찰하여야 한다.
그러나 2002.7.1 민사집행법 적용사건(신법사건)이후부터는 법원에서 특별히 인수조건을 부치지 않은 경우에는 토지별도 등기권자가 배당요구를 하지 않더라도 당연히 배당에 참가할 수 있는 채권자로 보고 배당을 하고 있으며, 재개발이나 재건축으로 공급된 아파트에 대한 경매시 종전 등기부상의 관리자(근저당권자, 가등기담보권자, 가압류, 압류, 전세권, 지상권)가 새로운 등기부에 이기 되지 않았더라도 등기된 것과 동일하게 보아 법원에서는 이들에게 이해관계인에 대한 통지, 권리신고의 최고, 채권계서서 제출 등의 통지를 하고 있는 실정이다.
민사집행법에서는 토지저당권 등에게도 배당을 해 주고 있어 지금은 "토지 별도등기 있음."으로 인한 큰 문제점은 발견되지 않고 있다.
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